Rafael número da camisa é o 2 Foi anunciado oficialmente pelo Botafogo no dia 8 de setembro de 2021. Ele e seu irmão gêmeo Fábio eram torcedores do clube quando crianças. Em julho de 2023, Rafael sofreu grave lesão no joelho esquerdo no clássico contra o Vasco, no Estádio Nilton Santos, pelo Campeonato Brasileiro. Rafael passou por cirurgia no dia seguinte ao clássico. Em outubro de 2023, ainda fora de combate, o lateral-direito encaminhou a renovação com o Botafogo até o fim de 2024. Rafael só voltou a atuar pelo Botafogo em março de 2024, após mais de oito meses fora por lesão. Em abril de 2024, após uma série de lesões pelo Botafogo, Rafael anunciou a aposentadoria para o fim do ano. Na primeira quinzena de abril, o lateral-direito teve constada uma fratura na patela do joelho esquerdo e o atleta iniciou o tratamento. O Botafogo informou que o prazo para retorno era de oito semanas.