গিমাডাঙ্গা প্রাথমিক বিদ্যালয়ে তার শিক্ষা জীবনের সুত্রপাত ঘটে ১৯২৭ খ্রিস্টাব্দে। সাত বছর বয়সে বঙ্গবন্ধু প্রথম স্কুলে ভর্তি হন। এবং ১৯২৯ খ্রিষ্টাব্দে তিনি গোপালগঞ্জ পাবলিক বিদ্যালয়ে তৃতীয় শ্রেনীতে ভর্তি হন। তার পিতা লুৎফর রহমান বদলি হয়ে ফরিদপুর যাওয়ার সূত্রে তিনি ১৯৩১ খ্রিষ্টাব্দে মাদারিপুর ইসলামিয়া বিদ্যালয়ে চতুর্থ শ্রেনীতে ভর্তি হয়। এবং সেখানে ১৯৩৪ সাল পর্যন্ত লেখাপড়া চালিয়ে যান। কিন্তু দূর্ভাগ্যবশত ১৯৩৪ সালে তিনি জটিল বেরিবেরি রোগে আক্রান্ত হয়ে যান। যার ফলে তার হৃদপিণ্ড দূর্বল হয়ে পড়ে। এছাড়াও ১৯৩৬ সালে তার চোখে গ্লুকোমা ধরা পড়ে যার ফলে জটিল অপারেশন করতে হয়। দীর্ঘ সময় তাকে এই সমস্যায় ভুগতে হয়। যার ফলে ১৯৩৮ সাল পর্যন্ত তার লেখাপড়া সম্পুর্ন রুপে স্থগিত রাখতে হয়। সুস্থ হবার পর সপ্তম শ্রেণিতে গোপালগঞ্জে মাথুরানাথ ইনস্টিটিউট মিশন স্কুলে ১৯৩৮ খ্রিষ্টাব্দে ভর্তি হন। এবং তিনি ১৯৪২ খ্রিষ্টাব্দে ম্যাট্রিকুলেশন পাশ করেন গোপালগঞ্জ মিশনারি স্কুল থেকে। এবং কলকাতার ইসলামিয়া কলেজ (বর্তমান নাম মওলানা আজাদ কলেজ) থেকে আই.এ পাশ করেন ১৯৪৪ খ্রিষ্টাব্দে ও স্নাতক ডিগ্রি লাভ করেন ইতিহাস ও রাষ্ট্রবিজ্ঞান বিষয়ে ১৯৪৭ খ্রিষ্টাব্দে।