Tras la muerte de Hidalgo, el liderazgo del movimiento insurgente pasó a manos de José María Morelos y Pavón, un sacerdote mestizo con una mayor habilidad militar y un objetivo claro: la independencia de México y la instauración de un gobierno republicano. Durante varios años, Morelos lideró la lucha en el sur de Nueva España, organizando un ejército más disciplinado y obteniendo importantes victorias. Morelos también fue responsable de la redacción de la primera constitución mexicana, conocida como la Constitución de Apatzingán en 1814, que proclamaba la independencia de México y establecía los principios de soberanía popular, igualdad y la división de poderes. Sin embargo, al igual que Hidalgo, Morelos fue capturado y ejecutado en 1815, lo que supuso un nuevo revés para la causa insurgente.